Im ersten Akt wird Prinz Tamino von einer Schlange verfolgt und von drei Damen gerettet. Sie zeigen ihm ein Bild von Pamina, der Tochter der Königin der Nacht, die von Sarastro entführt wurde. Tamino verspricht, sie zu retten, und erhält eine Zauberflöte, während Papageno ein magisches Glockenspiel bekommt. Sie werden von drei Knaben begleitet. Papageno rettet Pamina vor Monostatos, während Tamino im Tempelbezirk von Sarastro ankommt und befragt wird. Dort überrascht sie Sarastro.
Im zweiten Akt erklärt Sarastro, dass er Tamino für eine höhere Aufgabe bestimmt hat und Pamina seine Frau sein soll. Die Prüfungen beginnen, darunter ein Schweigegebot. Die Königin der Nacht versucht, Tamino und Papageno zurückzugewinnen, während Pamina von Monostatos bedrängt wird. Sarastro verurteilt Hinterlist und Rache, aber auch er ist nicht frei davon.
Tamino und Papageno werden weiter geprüft, während Pamina in Verzweiflung gerät. Die drei Knaben retten sie vor dem Freitod und führen sie zu Tamino. Zusammen bestehen sie apokalyptische Prüfungen.
Papageno wird von Sehnsucht geplagt, aber die drei Knaben helfen ihm, Papagena zu finden. Monostatos und die Königin dringen in den Tempel ein, werden aber überwältigt. Die Thronfolger sind gerettet und blicken einer neuen Zukunft entgegen.
