Mladého princa Tamina prenasleduje nebezpečný had. V poslednej chvíli tri záhadné dámy zachránia bezvládneho princa a zabijú hada. Keď sa Tamino preberie, stretne Papagena. Tri dámy odovzdajú Taminovi portrét Paminy, dcéry Kráľovnej noci. Princ sa do obrazu zamiluje a sľúbi kráľovnej, že vyslobodí Paminu z rúk Sarastra, ktorý ju uniesol. Vydáva sa na cestu spolu s Papagenom: na podporu dostane Tamino čarovnú flautu a Papageno zvonkohru.
Papageno, ktorého Tamino poslal napred, stretne Paminu, ktorú obťažuje otrok Monostatos. Papageno zaženie Monostata na útek a získa Paminu pre Tamina. Keď sa pokúsia utiecť, prekvapí ich Sarastro a jeho sprievod.
V druhej časti opery Tamino spozná Sarastrovu dobrotu. Aby sa však stal plnohodnotným členom jeho kňazstva, musí – spolu s Papagenom – prekonať niekoľko ťažkých skúšok. Taminovi sa podarí všetky skúšky vzorne zvládnuť a za odmenu môže spolu s Paminou nastúpiť na Sarastrovo miesto. Papageno, ktorý nebol taký úspešný, je napriek tomu obdarený partnerkou, ktorá sa k nemu hodí – Papagenou.
