A fiatal Tamino herceget egy veszélyes kígyó üldözi. Az utolsó pillanatban három rejtélyes hölgy megmenti az ájult herceget, és megöli a kígyót. Amikor Tamino magához tér, találkozik Papagenóval. A három hölgy átadja Taminónak az Éj Királynője lányának, Paminának a képmását. A herceg beleszeret a képbe, és megígéri a királynőnek, hogy kiszabadítja Paminát Sarastro kezei közül, aki elrabolta őt. Papagenóval együtt útnak indul: Tamino egy varázsfuvolát, Papageno pedig egy csengettyűkészletet kap segítségül.
Papageno, akit Tamino előreküldött, találkozik Paminával, akit a Monostatos nevű rabszolga zaklat. Papageno elkergeti Monostatost, és megnyeri Paminát Tamino számára. Amikor menekülni akarnak, Sarastro és kísérete meglepi őket.
Az opera második részében Tamino felismeri Sarastro jóságát. Ahhoz azonban, hogy papságának teljes jogú tagjává váljon, Papagenóval együtt több nehéz próbát kell kiállnia. Taminónak sikerül minden próbát kiválóan teljesítenie, és jutalmul Paminával együtt Sarastro helyére léphet. Papagenót, aki nem volt olyan sikeres, mégis megajándékozzák egy hozzáillő partnerrel, Papagenával.
